Nel 1982 nasce l’Università di Roma “Tor Vergata” e nel 1985 nasce il progetto di massima dell’Orto Botanico dell’Ateneo su proposta formulata dalla prof.ssa Maria Grilli Caiola. Nel marzo 1986, una commissione nominata dalla Società Botanica Italiana dopo un sopralluogo sull’area esprime parere favorevole alla realizzazione del progetto.
Le modifiche apportate al territorio e la ridefinizione del piano di assetto generale rendono difficoltoso l’avvio dei lavori.
L’evento del Giubileo del 2000, in particolare la giornata mondiale della gioventù, realizzata proprio nel territorio dell’orto, favorisce la realizzazione di alcune infrastrutture e la sistemazione a prato dell’area. Viene così impiantato il Giardino Biblico, e un nucleo a macchia mediterranea dell’arboreto.

Tra il 2000 e il 2004 a causa di nuovi assetti territoriali, l’orto botanico richiede una rimodulazione del progetto originale che garantisse una più ampia condivisione. Nel marzo 2004, è quindi nominata dal Preside della Facoltà di Scienze una commissione per definire le nuove linee guida.
La commissione è costituita dai proff. Patrizia Albertano, Antonella Canini, Stefano Cataudella, Giuseppe Palleschi, Giuseppe Rotilio, Valerio Sbordoni, Nicola Vittorio, Arch Annamaria Romano.
Successivamente viene nominata una commissione ristretta costituita dai proff. di Area Verde (Patrizia Albertano, Patrizia Aducci, Antonella Canini,) e dagli architetti Annamaria Romano e De Laurentis.
Nel giugno 2005 è presentato il nuovo progetto dove l’Orto Botanico oltre ad avere la funzione istituzionale di collezione vivente della biodiversità vegetale e di didattica, apparisse, per le sue dimensioni, perfettamente aperto e integrato con la società civile.
Il 5 ottobre 2005 il Rettore Prof. Alessandro Finazzi Agrò delega i Proff. Patrizia Aducci, Stefano Cataudella e Antonella Canini ad avviare contatti con soggetti esterni, pubblici e privati, per illustrare il nuovo progetto dell’Orto Botanico al fine di verificarne la sua fattibilità dal punto di vista tecnico, scientifico e culturale.
Nel dicembre 2005, la Provincia di Roma, risponde a questi contatti con un progetto dedicato alla caratterizzazione e conservazione del germoplasma di piante autoctone d’interesse agroalimentare tipiche della campagna romana.
Alla fine del 2006 l’Orto Botanico di Tor Vergata, con l’Orto Botanico della Sapienza, Roma Tre e Viterbo, hanno presentato alla Regione Lazio il progetto “Gli orti botanici e la conservazione delle specie minacciate del Lazio” con l’obiettivo di contribuire all’opera di conservazione della flora spontanea a rischio della Regione Lazio.
A gennaio 2007 la Regione Lazio finanzia il progetto PRAL per la caratterizzazione di ecotipi di leguminose di particolare interesse della Regione Lazio.
Nel 2008 è inaugurato il casale 5, e le tre serre allestite secondo le più moderne esigenze per la conservazione del germoplasma.

Nel 2010 parte l’iniziativa “adotta un albero” che riscuote un ampio successo nel coinvolgere scuole, studenti universitari, personale e cittadini della zona. Durante il primo evento “Primavera all’Orto Botanico di Tor Vergata” circa 2000 persone visitano l’orto e adottano 400 alberi.

Novembre 2010 grazie al contributo derivato dall’iniziativa precedente, sono messe a dimora 400 piante del bosco mesofilo, realizzando altri 3 ha circa dell’arboreto.
Dicembre 2010 nasce il sito internet dell’Orto Botanico www.ortobotanicoroma2.it.
Nel 2011 si aggiungono all’arboreto altre 300 piante che rappresentano la fascia di transizione tra il bosco mesofilo e la macchia mediterranea, unendo il nucleo più vecchio dell’arboreto alla nuova sezione.

Nasce il Giardino della musica primo fra i giardini tematici.
Nel 2012 la siepe di recinzione è messa a dimora piantando circa 200 alberi e migliaia di arbusti.

Tra il 2013 e il 2014 finalmente l’Orto Botanico di Tor Vergata possiede una recinzione e un cancello d’ingresso fatto di piante.
A Gennaio 2015 nasce la prima serra di esposizione di piante succulente (ancora in allestimento), a febbraio 2015 sono piantate circa 150 specie diverse di querce che vanno a costituire il primo nucleo di una collezione che ha l’ambizione di conservare presso l’Orto Botanico tutte le specie del genere Quercus esistenti al mondo.

Planimetria futura dell’Orto Botanico